靖難之變
明太祖朱元璋為了鞏固自己及子孫的統治，便大封宗室二十五人為藩王，駐守全國各地。這些藩王雖然沒有封地的管治權，但擁有護衞軍隊，少者有三千人，多者至一萬九千人，駐守北方邊境的九位邊王（遼、寧、燕、谷、代、晉、秦、慶、肅）軍權更大，如寧王「帶甲八萬，革車六千」。
朱元璋的太子朱標不幸早死，太孫朱允炆是諸王的後輩，感到難以制約諸王，加上諸王擁有軍權，對他構成潛在威脅，便有削藩之意。洪武三十一年（西元1398年）閏五月初十明太祖朱元璋去世，朱允炆作為長孫繼位，是為惠帝。惠帝發佈太祖遺詔，令諸王留於封地，不要來京；甚至燕王朱棣已經前來奔喪，卻被惠帝命令返回，導致諸王不滿。惠帝於是與齊泰、黃子澄商量開始削藩。
建文帝削藩
朱允炆繼位後開始削藩。在削藩順序上，齊泰認為應先削實力最強的燕王，時戶部侍郎卓敬亦上疏請改燕王封地於南昌；但黃子澄反對，認為燕王有功無過，爲了爭取輿論支持，應該先找有問題的親王下手。惠帝支持黃子澄，遂先後廢除五位親王。
洪武三十一年七月，削周王。因周王是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他與燕王呵成一氣，於是決定先廢周王。時周王次子朱有爋告發父親謀反，於是派曹國公李景隆以備邊之名經過開封，將周王全家押回南京，廢為庶人，遷往雲南蒙化（今昆明以西、大理以南）。
建文元年四月，削齊、湘、代三位親王，廢為庶人。湘王不堪受辱，為保名節舉家自焚；齊王被軟禁在南京；代王被軟禁在封地大同。
建文元年六月，削岷王。廢為庶人，徙漳州。
惠帝朱允炆削藩存在的問題：
第一，削藩既無計劃（如一月之內連削三王），又缺乏妥善的善後處理；加之惠帝本人剛剛登基，削藩速度過快，導致人心浮動。
第二，捕風捉影，導致地方有人告變邀功（如周王次子有爋僅十歲，惠帝便以其言削周王；湘王被人誣告謀反，無以自明，遂自焚）。
第三，過於急躁，削廢並進，激化矛盾。廢藩將統治階級內部矛盾激化為敵我矛盾，給予藩王造反的理由。漢七國之亂、晉八王之亂均非因置藩本身引起變亂，而是中央的削藩引發既得利益者抗爭。即使是七國之亂後，漢武帝也不是直接廢藩，而是頒佈《推恩令》來逐步削減。
第四，掩耳盜鈴，放還燕藩三子。朱棣的三個兒子當時（建文元年五月）都在南京，本可作為人質，黃子澄說不如放回北平，以麻痹朱棣；但實際上當時已經削去四位藩王，可謂掩耳盜鈴。
第五，重文輕武，罔顧軍事。朱允炆本身毫無作戰經驗，且因太祖大殺滅元功臣，致太孫能重用者均為文官儒生。以當時外患仍頻的明朝而言（明蒙戰爭直到隆慶、萬曆年間才逐漸停止），就本身完全無作戰經驗及兵法素養的惠帝來說，中央沒有合適的統兵將領，貿然削藩並非治國良策。後來事實也證明，方孝儒等大臣確無保家衞國之作戰能力。
由於朝廷削藩激化矛盾，藩王與朝廷開始決裂，此時實力最強的燕王就成了真正的眾藩之首。而朱允炆與朱棣之間的博弈亦逐漸激化。
朱棣起兵，奪取幽燕
洪武三十一年十二月，為了提防燕王造反，惠帝派工部侍郎張昺為北平布政使，都指揮使謝貴、張信為北平都指揮使。隨後又命都督宋忠屯兵駐開平，並調走北平的燕王軍隊。
燕王朱棣見到幾位藩王先後被削，明白如此下去必無法逃過此劫，遂一邊爭取時間一邊做戰爭準備。爲了爭取時間，建文元年，朱棣先裝病，使惠帝放三子回北平；之後由於屬下被朝廷處死，遂裝瘋。但由於王府長史葛誠叛變，裝瘋被發覺。
時燕王遣使入京奏事，使者被齊泰等審訊，被迫供出燕王的異狀，於是朝廷下密旨，令張昺、謝貴逮捕燕王府的官屬，張信逮捕燕王本人。但張信經過考慮，將此事告知朱棣。於是朱棣和姚廣孝等進行舉兵的謀劃，令張玉、朱能將八百勇士帶入府中潛伏，以待變故。
張昺、謝貴得到建文密詔後，七月初四帶兵包圍了燕王府。朱棣假意將官屬全部捆縛，請二人進府查驗。二人進府後，朱棣派出府內勇士將其擒獲，並連同府內叛變的葛誠、盧振一同誅殺。當日夜裡，朱棣攻下北平九門，遂控制北平城。
燕王朱棣起兵造反，援引《皇明祖訓》，號稱清君側，指惠帝身邊的齊泰和黃子澄為奸臣（謀害皇室親族），需要鏟除，稱自己的舉動為「靖難」（意為「平定災難」），並上書惠帝。
燕軍控制北平後，七月初六，通州主動歸附；七月初八，攻破薊州，遵化、密雲歸附；七月十一，攻破居庸關；七月十六，攻破懷來，擒殺宋忠等；七月十八，永平歸附。七月二十七，為防止大寧軍隊從松亭關偷襲北平，用反間計使其內訌，守將卜萬下獄。至此，北平周圍全部掃清。燕軍兵力增至數萬。
燕軍攻破懷來後，由於領地相距太近，七月二十四日，谷王朱橞逃離封地宣府，奔京師。八月，齊泰等顧慮遼王、寧王幫助燕王，建議召還京師；遼王從海路返京，而寧王不從，遂削寧王護衞。
宋忠失敗後，部將陳質退守大同。代王本欲起兵呼應朱棣，被陳質所控制，未果。
擊敗耿炳文
七月，朱棣反書到京，惠帝削朱棣屬籍，廢為庶人。決定起兵討燕。
由於朱元璋晚年誅殺了不少良將，導致惠帝手下缺乏將才可用，朝廷只得任命65歲老將耿炳文率兵北上討伐，號稱三十萬人，實際先行率領十三萬人出兵。在臨行時，惠帝親自告誡：「毋使朕有殺叔父名。」
耿炳文率軍在八月十三日到達真定（今河北正定），並分兵於河間、鄚州（在今河北任丘）、雄縣，為犄角之勢。在經過觀察後，八月十五日，燕軍趁中秋夜敵軍不備，偷襲雄縣；成功後又利用伏擊擊敗了鄚州的援兵，遂攻克鄚州，收編剩餘的部隊。
耿炳文部將張保來降，告知朱棣耿炳文的部隊分駐滹沱河兩岸，於是朱棣讓他回去告訴耿炳文「雄縣、鄚州大敗，燕兵將至」，以打擊其士氣，並使耿炳文合兵一處，便於一舉擊潰。耿炳文果然將南岸的兵調過河。
八月二十四日，燕軍到達無極縣。從樵夫和南軍被俘士兵處得知敵情，於是燕軍發動決戰。
二十五日，燕軍趁耿炳文送使臣出城時偷襲南軍，炳文逃回城中後，怒而迎戰。在燕軍主力與耿炳文軍相持時，朱棣親自率軍襲擊其側翼，耿炳文大敗，狼狽逃回城中，城池差點失守。部將李堅、甯忠、顧成等被俘，被斬殺三萬餘人，溺死者不計其數，被俘數萬人。
耿炳文率殘部不到十萬人在真定堅守不出，燕軍攻城三天不克。八月二十九日，燕軍返回北平。顧成降燕之後，留在北平協助燕世子朱高熾守城。
大勝李景隆
耿炳文戰敗的消息傳到南京，惠帝開始擔憂戰事，考慮換將。黃子澄說曹國公李景隆是名將李文忠之子，建議他接任；齊泰反對，但惠帝不聽。八月三十日，拜李景隆為大將軍，誓師出征，並召回耿炳文。李景隆以德州為大本營，調集各路兵馬包括耿炳文敗兵，增兵至五十萬人，九月十一日進至河間。
朱棣聽說惠帝以五十萬傾國之兵交付李景隆，大喜過望，說趙括之失必然重演，燕軍必勝。並提出李景隆之五敗：
一、為將政令不脩， 紀律不整，上下異心，死生離志；
二、今北地早寒，南卒裘褐不足，披冒霜雪，手足皸瘃，甚者墮指，又士無贏糧，馬無宿槁；
三、不量險易，深入趨利；
四、貪而不治，智信不足，氣盈而愎，仁勇俱無，威令不行，三軍易撓；
五、部曲喧嘩，金鼓無節，好諛喜佞，專任小人。
守北平，襲大寧
九月初一江陰侯吳高率遼東兵攻打永平郡，故朱棣此時趁李景隆躊躇不決，前往救援。
解圍後，朱棣在當年十月突襲寧王所在的大寧（今內蒙古寧城），挾持寧王朱權，徵收其軍馬（包括其騎兵精銳朵顏三衛），軍力更強。
鄭村壩之戰
朱棣回兵北平，擊敗圍成的李景隆，李景隆大敗而退。
白溝河之戰
建文二年四月，燕軍在白溝河（今河北雄縣境內）大敗李景隆的六十萬大軍，進至濟南，守將盛庸、鐵鉉堅守，燕軍攻城不下。
建文二年至三年的相持階段
朝廷撤換李景隆，封盛庸為平燕將軍。十二月盛庸在東昌（今山東聊城）大破燕軍，燕軍損失將士數萬人及大將張玉，此役是官軍自開戰以來首次大捷，燕軍退回北平。建文三年三月，燕軍在夾河（今河北武邑境）大敗盛庸，此後燕軍又取得多次勝利。
由於惠帝曾告誡諸將「毋使朕負殺叔父之名」，故此，官軍與燕軍作戰時諸多制肘，甚至有一次官軍圍困了朱棣，卻不敢傷害他，結果被他逃脫。但是一次鐵鉉差點殺掉燕王，朱允炆大喜又以重賞嘉獎以表鼓勵。
雖然燕軍屢敗官軍，因兵力不足，往往放棄新取之地，僅能據有燕京北平府、保定府、永平府（今河北盧龍）三府。
趁虛而入，直取南京建文三年冬，有金陵宦官逃到朱棣處，告以南京城守備空虛，朱棣便率兵南下，繞過鐵鉉、平安軍，直趨南京。其路線大致為北平-蠡縣（約在保定以南50公里）-館陶（以上路線大致位於現京九鐵路以西50公里左右），在館陶渡過衞運河（京杭運河的一部分，進入山東）-東阿（以上路線大致相當於現在的309國道）-東平-汶上-單縣（以上路線大致相當於現在的105國道）-沛縣（進入江蘇）-徐州-宿州（安徽），在宿州附近（渦河-淝河-蕭縣-靈璧）作戰後一路向東南方向直線前進，泗縣-盱眙-揚州-瓜洲（渡江）-鎮江，然後向西到龍潭（距南京約30公里），最後進入南京城。
建文四年四月，官軍平安、徐輝祖部先後擊敗燕軍，可是朝廷在這時調走徐輝祖，令燕軍有機可乘，在淮水北大破官軍，平安被俘，十萬人降。五月燕軍擊敗防守淮河南岸的官軍盛庸部，進至長江北岸。六月有水師叛降燕軍，燕軍渡過長江，谷王朱橞和李景隆等人，開南京應天府城門讓燕軍入城，宮中起火，惠帝失蹤，朱棣為惠帝舉行葬禮，並登基稱帝。
南京失守後，盛庸率軍向朱棣投降。鐵鉉不久兵敗被擒，慘死。
【餘波及後事】
建文四年（1402年）六月，成祖在「靖難之役」獲勝後，向京城軍民發佈公告：固守封地的藩王因左班奸臣挑唆導致骨肉被其殘害，所以不得不起兵誅殺他們，以此來扶持江山社稷和保安親藩。今次擬定的京城奸臣，有罪者人不敢赦免，無罪者不敢誅殺，如若誤傷受到牽連又禍及到傷亡，絕非靖難本意。
成祖在「靖難之役」獲勝後，誅殺齊泰、黃子澄、方孝孺及眾多建文舊臣如：卓敬、暴昭、練子寧、毛泰、郭任、盧植、戴德彝、王艮、王叔英、謝升、丁志方、甘霖、董鏞、陳繼之、韓永、葉福、劉端、黃觀、侯泰、茅大芳、陳迪、鐵鉉等，史稱：「忠憤激發，視刀鋸鼎鑊甘之若飴，百世而下，凜凜猶有生氣。」他們的家屬和親人也被牽連，死者甚眾，流放、被逼作妓女及被其它方式懲罰的人也不少。直至明仁宗即位後，大部份人始獲赦免，餘下的人的後代卻遲至明神宗時始獲赦免。
朱棣不承認建文年號，將建文元、二、三、四年改為洪武三十二至三十五年，次年改為永樂元年。
朱棣因為反對惠帝削藩而起兵，爲了爭取諸王擁戴，即位後立即恢復了被削的藩王，並加以賞賜，甚至改變祖制給予宗室更高的品級。如按照洪武年間規定，鎮國將軍（郡王之子）為三品，輔國將軍四品，奉國將軍五品，鎮國中尉六品，輔國中尉七品，奉國中尉八品。而成祖「遂加鎮國將軍從一品，輔國將軍從二品，奉國將軍從三品，鎮國中尉從四品，輔國中尉從五品，奉國中尉從六品」。
然而由於朱棣自己是武裝奪權的，爲了保證中央政權穩固，他即位後先將諸塞王改封於內地，然後逐漸解除諸王的兵權：永樂元年削代王護衞及官屬；永樂四年削齊王護衞及官屬，不久廢為庶人；永樂六年削岷王護衞及官屬；永樂十年削遼王護衞；永樂十五年廢谷王為庶人；永樂十九年周王見勢不妙，主動獻還護衞。洪武朝帶兵的十三位親王，永樂朝削去了六個護衞。與此同時，大封靖難功臣，將大批有經驗的武臣保留下來，加強中央政權，從根本上改變了中央和諸藩的軍事力量對比。
雖然朱棣實現了朱允炆當年的目的，但只解決了眼前的問題，並沒有改變祖制；其子漢王朱高煦和趙王朱高燧仍然設立了三護衞。宣德元年，朱高煦叛亂，再次證明親王典兵不是辦法。親征平定叛亂後，明宣宗利用其威望，迫使絕大部份藩王交出了護衞，並從各個方面對宗室加以控制。此後，宗室與中央的矛盾逐漸由軍事上對政權的威脅轉變為大量增加的俸祿對中央財政的壓力。
